จากกรณีกลุ่มกรีนพีซเอเชียยื่นอุทธรณ์ต่อศาลปกครองสูงสุด ฟ้องกรมวิชาการเกษตร กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ข้อหาละเลยต่อหน้าที่ในการจัดการการปนเปื้อนมะละกอจีเอ็มโอ ปล่อยให้หลุดออกสู่นอกแปลงทดลองแบบเปิด โดยยื่นเมื่อวันที่ 31 กรกฎาคม 2551 หลังศาลปกครองกลางมีคำพิพากษายกฟ้องไว้ โดยตุลาการแถลงยืนคำพิพากษายกฟ้องคดีมะละกอจีเอ็มโอ

ความคืบหน้าเรื่องนี้ เมื่อเวลา 09.30 น. วันที่ 2 เมษายน ศาลปกครองสูงสุดพิจารณาคดีครั้งแรก ในคดีเจ้าหน้าที่ของรัฐกระทำการโดยไม่ชอบด้วยกฎหมาย และละเลยต่อหน้าที่ตามที่กฎหมายกำหนดให้ต้องปฎิบัติ กรณีมะละกอปนเปื้อนจีเอ็มโอ ผู้แถลงคดีกล่าวว่า คดีนี้ควรยืนตามคำพิพากษาของศาลปกครองกลาง กล่าวคือ กรณีที่อ้างว่าไม่มีการทำลายมะละกอจีเอ็มโอในพื้นที่เพาะปลูกที่เกิดเหตุดังกล่าว ภายหลังที่กรมวิชาการเกษตรได้ตรวจสอบการแพร่กระจายของมะละกอจีเอ็มโอในแหล่งเพาะปลูก และแหล่งจำหน่ายที่สำคัญอย่างต่อเนื่อง ตามอำนาจหน้าที่ ในช่วงตั้งแต่ปี พ.ศ.2547 จนถึงปี พ.ศ.2550 ไม่ปรากฎข่าวสารว่า มีการระบาดของมะละกอจีเอ็มโอ ในพื้นที่ดังกล่าวอีก หมายความว่า การระบาดของมะละกอจีเอ็มโอ ในพื้นที่ดังกล่าวได้สิ้นสุดลงแล้ว ตามที่ศาลปกครองกลางไม่ได้มีคำบังคับให้กรมวิชาการเกษตร ทำการตรวจสอบสารการปนเปื้อนหรือการแพร่กระจายของมะละกอจีเอ็มโอในรายเกษตรกรซ้ำอีกครั้งหนึ่ง ตามคำขอของกรีนพีซ จึงเป็นการชอบแล้ว

นอกจากนี้กรีนพีซยังกล่าวอีกว่า ในปีพ.ศ.2552 มูลนิธิเพื่อชีววิถี ตรวจพบมะละกอจีเอ็มโอ ในจังหวัดกาญจนบุรีและนครสวรรค์ ซึ่งเป็นผลมาจากการทดลองปลูกมะละกอจีเอ็มโอแบบเปิด ของกรมวิชาการเกษตร อีกด้วย

โดยก่อนหน้านี้กรีนพีซพบการปนเปื้อนของมะละกอจีเอ็มโอในสิ่งแวดล้อม และในแปลงของเกษตรกร โดยต้นเหตุมาจากแปลงทดลองปลูกพืชจีเอ็มโอแบบเปิด ของกรมวิชาการเกษตร ที่ได้เป็นผู้นำเข้าต้นกล้าและเนื้อเยื่อมะละกอจีเอ็มโอ จากมหาวิทยาลัยคอร์แนล เข้ามาทดลองในประเทศไทย ซึ่งกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ไม่ยอมรับการเกิดการปนเปื้อนของมะละกอจีเอ็มโอ พร้อมทั้งได้ดำเนินคดีต่อกรีนพีซว่า เป็นผู้ทำให้เกิดการปนเปื้อนเสียเอง และนำไปสู่การดำเนินคดีอาญากับเจ้าหน้าที่กรีนพีซในข้อหาบุกรุก ลักทรัพย์ และทำให้เสียทรัพย์ ทำให้กรีนพีซได้เสนอข้อเท็จจริงต่อศาลชั้นต้นที่ว่า การทดลองจีเอ็มโอในพื้นที่เปิดหรือในระดับไร่นานั้น ไม่สามารถควบคุมการแพร่กระจายของเมล็ดพันธุ์จีเอ็มโอสู่สิ่งแวดล้อมได้  ทำให้ศาลชั้นต้นยกฟ้องเจ้าหน้าที่กรีนพีซ

ต่อมากรมวิชาการเกษตรออกมายอมรับว่า มีการปนเปื้อนของมะละกอจีเอ็มโอ ในเขตพื้นที่จ.ขอนแก่น จริง และกระทรวงเกษตรฯ รายงานว่า ได้ทำการตัดทำลายมะละกอจีเอ็มโอที่ปนเปื้อนออกสู่แปลงเกษตรกรทั่วประเทศแล้ว แต่ยังพบการปนเปื้อนของมะละกอจีเอ็มโออยู่ในหลายพื้นที่ทั่วประเทศ กรีนพีซจึงร้องต่อศาลปกครองกลาง เพื่อให้ศาลปกครองมีคำพิพากษาหรือคำสั่งให้กรมวิชาการเกษตร กระทรวงเกษตรฯ หยุดการทดลองมะละกอจีเอ็มโอในพื้นที่เปิด โดยให้กระทรวงเกษตรฯ ดำเนินการตรวจสอบมะละกอจีเอ็มโอในแปลงเกษตรกรที่รับเมล็ดพันธุ์ไป รวมถึงให้กำหนดมาตรการในการควบคุมการแพร่กระจายของมะละกอจีเอ็มโอไปสู่แปลงเกษตรกรและสิ่งแวดล้อม ศาลปกครองกลางมีคำพิพากษายกฟ้อง ระบุว่า กรมวิชาการเกษตรไม่ได้ละเลยต่อหน้าที่ในการจัดการปนเปื้อนของมะละกอจีเอ็มโอ ทำให้กรีนพีซต้องยื่นอุทธรณ์ต่อศาลปกครองสูงสุด

เมื่อศาลปกครองพิจารณาคดีครั้งแรกเสร็จสิ้น กรีนพีซได้แถลงข่าวที่หน้าศาลปกครอง คดีมะละกอปนเปื้อนจีเอ็มโอ และรายงานสถานการณ์การรุกคืบของจีเอ็มโอ จากบรรษัทข้ามชาติ ว่า การปนเปื้อนของพืชจีเอ็มโอในพืชอาหารชนิดอื่น ๆ เช่น ข้าวโพด ฝ้าย และพริก ล่าสุดเมื่อวันที่ 20 กุมภาพันธ์ พ.ศ.2556  มหาวิทยาลัยนเรศวร ร่วมมือกับบริษัท มอนซานโต้ (ไทยแลนด์) จำกัด เพื่อดำเนินโครงการวิจัย “ทดสอบข้าวโพดดัดแปลงพันธุกรรมสายพันธุ์ NK603 ในแปลงทดลองแบบเปิด” โดยยื่นเอกสารเพื่อขออนุญาตทดลองโครงการนี้ผ่านกรมวิชาการเกษตรอีกด้วย ซึ่งข้าวโพดจีเอ็มโอ NK603 เป็นข้าวโพดจีเอ็มโอที่ต้านทานยาฆ่าหญ้าประเภท glyphosate ที่บริษัทมอนซานโต้ เป็นผู้ขายและเป็นเจ้าของเมล็ดพันธุ์ดังกล่าว

กรีนพีซจึงขอร้องเรียนต่อรัฐบาลให้มีการพิจารณายกเลิกการอนุญาตโครงการวิจัยดังกล่าวที่บริษัท มอนซานโต้ ร่วมกับ มหาวิทยาลัยนเรศวร โดยกรีนพีซระบุว่า การทดลองข้าวโพจีเอ็มโอ NK 603 ในพื้นที่ดังกล่าวนั้น ไม่ได้ส่งเสริมให้เกิดความก้าวหน้าทางวิทยาศาสตร์หรือเทคโนโลยีที่ยั่งยืน เพียงแต่เป็นเครื่องมือให้บริษัท มอนซานโต้ แสวงหาผลประโยชน์ให้กับธุรกิจของตนเอง ซึ่งบรรษัทข้ามชาติเหล่านี้จำเป็นต้องยืมมือหน่วยงานของรัฐ อย่างมหาวิทยาลัยนเรศวร ในการดำเนินการทดลองจีเอ็มโอในพื้นที่เปิด ซึ่งถือเป็นขั้นตอนสุดท้ายก่อนนำไปสู่การขายเมล็ดพันธุ์จีเอ็มโอในเชิงพาณิชย์ต่อไป