รายงานของผู้สอบบัญชีและงบการเงินสำนักงานศาลยุติธรรม ปี 2557 โดย สตง. ระบุงบการเงินในระบบ GFMIS ของสำนักงานศาลยุติธรรม มีข้อคลาดเคลื่อนจากงบการเงินของ สตง. ซึ่งจัดทำด้วยระบบมือ เนื่องจากการจัดทำ บช.05 เพื่อนำข้อมูลที่มีการเคลื่อนไหวระหว่างปีเข้าระบบ GFMIS ไม่ครบถ้วน พบหลายรายการคลาดเคลื่อนกันหลักหลายร้อยล้านบาท

24 พ.ย. 2558 จาก รายงานของผู้สอบบัญชีและงบการเงินสำนักงานศาลยุติธรรม สำหรับปีสิ้นสุดวันที่ 30 กันยายน 2557 โดยสำนักงานการตรวจเงินแผ่นดิน (สตง.) ที่จะเข้าที่ประชุมสภานิติบัญญัติแห่งชาติ (สนช.) ในวันพฤหัสบดีที่ 26 พฤศจิกายน 2558 นี้ พบประเด็นที่หน้าสนใจคือในหมายเหตุ 28 ของรายงานเรื่อง ข้อคลาดเคลื่อนของงบการเงินในระบบ GFMIS นั้น ในรายงานระบุว่างบการเงินในระบบ GFMIS ของสำนักงานศาลยุติธรรม มีข้อคลาดเคลื่อนจากงบการเงินฉบับนี้ (ของ สตง.) ซึ่งจัดทำด้วยระบบมือ เนื่องจากการจัดทำ บช.05 เพื่อนำข้อมูลที่มีการเคลื่อนไหวระหว่างปีเข้าระบบ GFMIS ไม่ครบถ้วน โดยข้อคลาดเคลื่อน ณ วันที่ 30 กันยายน 2557 มีดังนี้

(อ่านได้จากไฟล์แนบหน้า 19 หมายเหตุ 28 ข้อคลาดเคลื่อนของงบการเงินในระบบ GFMIS)

อนึ่งระบบ Government Fiscal Management Information System (GFMIS) เป็นเครื่องมือในการเพิ่มประสิทธิภาพการบริหารการคลังภาครัฐ และสามารถใช้เป็นข้อมูลในการตัดสินใจกับนโยบายการคลัง และการปรับทิศทางเศรษฐกิจของประเทศไทยอย่างทันท่วงที โดยเป้าหมายของระบบ  GFMIS  คือ  ออกแบบ จัดสร้าง ระบบบริหารงานการคลังภาครัฐของประเทศไทยอย่างสมบูรณ์แบบ  ในด้านรายรับ  รายจ่าย  การกู้เงินเงินคงคลัง  บัญชีการเงินแบบเกณฑ์คงค้าง  บัญชีสินทรัพย์ถาวร  บัญชีต้นทุน  บัญชีบริหารแบบ SINGLE  ENTRY ( การนำเข้าข้อมูลเพียงครั้งเดียว)  รวมทั้งการจัดซื้อจัดจ้าง  การจัดทำการอนุมัติ  การเบิกจ่าย  การปรับปรุง และการติดตามการใช้งบประมาณ  ที่เน้นการวัดประสิทธิภาพ ประสิทธิผล แบบ Output – Outcome เพื่อสร้างให้เกิดฐานข้อมูลกลางด้านการเงิน การคลังภาครัฐ แบบ  Matrix และ Online  Time  ทั้งตามโครงสร้างกระทรวง  ทบวง  กรม  และพื้นที่จังหวัด CEO โดยทุกส่วนราชการเริ่มใช้งานระบบจริง ตั้งแต่วันที่ 1 ตุลาคม 2547