1. ช่วงปี 2547 – 2548

มีการกำกับการบริหารจัดการโดยกองอำนวยการเสริมสร้างสันติสุขจังหวัดชายแดนภาคใต้ (กอ.สสส.จชต.) โดยมีนโยบายและแนวทางการบริหารจัดการเพื่อเสริมสร้างสันติสุขในจังหวัดชายแดนภาคใต้ และมี “ยุทธศาสตร์การพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้ (ปัตตานี ยะลา นราธิวาส) ปี 2547 –2548” ที่คณะรัฐมนตรีให้ความเห็นชอบเมื่อ 16 มีนาคม 2547 เป็นกรอบในการแก้ไขปัญหาความไม่สงบและพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมในพื้นที่ 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้เป็นหลัก 

2. ช่วงปลายปี 2548 ต่อเนื่องในปี 2549

มีการกำกับการบริหารจัดการพัฒนา โดยคณะกรรมการนโยบายเสริมสร้างสันติสุขจังหวัดชายแดนภาคใต้ (กสชต.) โดยมี “นโยบายและยุทธศาสตร์เสริมสร้างสันติสุขในจังหวัดชายแดนภาคใต้” เป็นกรอบให้หน่วยงานที่เกี่ยวข้องยึดถือปฏิบัติภารกิจในด้านความมั่นคง ด้านเศรษฐกิจและสังคม 

3. ช่วงปี 2550 – 2551

ภายหลังการเปลี่ยนแปลงรัฐบาลเมื่อเดือนกันยายน 2549 รัฐบาลได้ปรับปรุงกลไกการดาเนินงานแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ โดยได้จัดตั้งกองอานวยการรักษาความมั่นคงภายในราชอาณาจักร (กอ.รมน.) เป็นหน่วยงานรับผิดชอบการแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ทั้งระบบ สาหรับในพื้นที่มี กอ.รมน. ภาค 4 รับผิดชอบ และภายใต้ กอ.รมน. ภาค 4 มีกองบัญชาการผสม พลเรือนตารวจทหาร (พตท.) เป็นองค์กรรับผิดชอบแก้ไขปัญหาด้านความมั่นคง และศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ (ศอ.บต.) เป็นองค์กรรับผิดชอบด้านการพัฒนา นอกจากนี้ ได้มีการแต่งตั้งคณะกรรมการพัฒนาเขตพัฒนาพิเศษเฉพาะกิจจังหวัดชายแดนภาคใต้ (กพต.) ทำหน้าที่ในการกาหนดนโยบาย เร่งรัดการพัฒนาและติดตามผลการพัฒนาในพื้นที่ปัตตานี ยะลา นราธิวาส สตูล และ 4 อาเภอของจังหวัดสงขลา คือ จะนะ เทพา นาทวี และสะบ้าย้อย 

• กรอบนโยบายและยุทธศาสตร์ กอ.รมน. ได้กำหนด “แผนยุทธศาสตร์การแก้ไขปัญหาความมั่นคงในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ ปี 2550 –2554” ต่อมาคณะรัฐมนตรีเมื่อวันที่ 8 เมษายน 2551 ได้ให้ความเห็นชอบ “กรอบยุทธศาสตร์การพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้” ครอบคลุมพื้นที่ 5 จังหวัดชายแดนภาคใต้ (ปัตตานี ยะลา นราธิวาส สตูล และสงขลา) และมีการจัดทำ “แผนพัฒนาในเขตพัฒนาพิเศษเฉพาะกิจจังหวัดชายแดนภาคใต้ ปี 2551 –2554” รองรับ ขณะเดียวกัน กระทรวงต่างๆ ได้มีการจัดทำยุทธศาสตร์ของกระทรวงเพื่อการพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้ อาทิ ยุทธศาสตร์การพัฒนาการศึกษาในเขตพัฒนาพิเศษเฉพาะกิจจังหวัดชายแดนภาคใต้ ปี 2551 – 2554 และยุทธศาสตร์การพัฒนาเกษตรในเขตพัฒนาพิเศษเฉพาะกิจจังหวัดชายแดนภาคใต้ ปี 2552 – 2554 

• มาตรการสนับสนุนเขตพัฒนาพิเศษเฉพาะกิจ ตามมติคณะรัฐมนตรีเมื่อวันที่ 19 ธันวาคม 2549 มีระยะเวลาดำเนินการในปี 2550 – 2552 ประกอบด้วย 1) มาตรการลดภาษีเงินได้บุคคลธรรมดาเหลือในอัตราร้อยละ 0.1 ของยอดเงินได้พึงประเมิน ลดภาษีเงินได้นิติบุคคลจากอัตราปกติลงเหลือร้อยละ 3.0 ของกำไรสุทธิ ลดภาษีธุรกิจเฉพาะการขายอสังหาริมทรัพย์เหลือร้อยละ 0.1 2) มาตรการลดหย่อนค่าธรรมเนียมในการจดทะเบียนสิทธิและนิติกรรม ลดค่าธรรมเนียมการจดทะเบียน การขอตรวจเอกสาร การขอสำเนาเอกสารและค่าธรรมเนียมอื่นเกี่ยวกับห้างหุ้นส่วนและบริษัทจากัดลงกึ่งหนึ่ง 3) มาตรการชดเชยส่วนต่างเบี้ยประกันภัยก่อการร้ายระหว่างร้อยละ 0.5 – ร้อยละ 2.0 ให้แก่ผู้ประกอบการ 4) มาตรการสนับสนุนสินเชื่อดอกเบี้ยต่า (1.5%) วงเงิน 25,700 ล้านบาท 5) มาตรการสนับสนุนแรงงานต่างด้าว 6) มาตรการสร้างหลักประกันทางสังคม และ7) มาตรการอาวัลตั๋วสัญญาใช้เงินของสถาบันการเงินเฉพาะกิจเพื่อช่วยเหลือทางการเงินแก่ผู้ประกอบกิจการใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้

งบประมาณและแผนงานโครงการในการแก้ไขปัญหาและพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้ 

ในระยะ 5 ปีที่ผ่านมา (ปี 2547 – 2551) นับตั้งแต่เกิดเหตุการณ์ความไม่สงบในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ รัฐบาลได้จัดสรรงบประมาณเพื่อแก้ปัญหาความไม่สงบและพัฒนาพื้นที่3 จังหวัดชายแดนภาคใต้รวม จำนวน 69,808.369 ล้านบาท แยกเป็นงบที่จัดสรรในมิติ Agenda (งบกลาง) จำนวน 40,358.7 ล้านบาท (ร้อยละ 57.81) งบที่จัดสรรในมิติ Function ของหน่วยงานที่ดำเนินการใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ จำนวน 27,508.681 ล้านบาท (ร้อยละ 39.41) และงบที่จัดสรรในมิติ Area ตามยุทธศาสตร์ของ 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ จำนวน 1,940.999 ล้านบาท (ร้อยละ 2.78) ดังนี้ 

• การแก้ไขปัญหาการก่อความไม่สงบใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ รัฐบาลได้จัดสรรงบกลางเป็นกรณีพิเศษ รวม 40,358.7 ล้านบาท เพื่อดำเนินการตามนโยบายและยุทธศาสตร์ภายใต้การกำกับบริหารจัดการของ กอ.สสส.จชต. จำนวน 17,005.0 ล้านบาท (ปี 2547–2548) กสชต. จำนวน 7,465.2 ล้านบาท (ปี 2549) และ กอ.รมน. จำนวน 15,788.4 ล้านบาท (ปี 2550–2551) ซึ่งส่วนใหญ่เป็นการดาเนินภารกิจด้านการรักษาความมั่นคงและความปลอดภัยในชีวิตและทรัพย์สิน รวมถึงการจ้างงานตามโครงการสร้างงานจ้างงานเร่งด่วนใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ และ 4 อำเภอจังหวัดสงขลา ปีละ 30,000–40,000 อัตรา ซึ่งได้ช่วยแก้ไขปัญหาการว่างงานในพื้นที่ให้ดีขึ้น 

การพัฒนา 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ โดยเป็นการดำเนินการตามภารกิจของหน่วยงานภาครัฐต่างๆ ซึ่งใช้งบประมาณในมิติ Function พบว่า ในระยะ 5 ปีที่ผ่านมา กระทรวงมหาดไทยได้รับการจัดสรรงบประมาณสูงสุด คิดเป็นร้อยละ 30.81 รองลงมาได้แก่ กระทรวงศึกษาธิการ กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ส่วนราชการไม่สังกัดสำนักนายกรัฐมนตรี และกระทรวงคมนาคม ได้รับการจัดสรรร้อยละ 20.77 ร้อยละ 14.30 ร้อยละ 10.82 และร้อยละ 9.52 ตามลำดับ 

ที่มา : แผนการพัฒนาพื้นที่พิเศษ 5 จังหวัดชายแดนภาคใต้ ปี 2552 - 2555
สำนักงานคณะกรรมการพัฒนาการเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ