ทั้งนี้ เนื่องจาก สมุหพระกลาโหมนั้นมิได้มีเพียงอำนาจหน้าที่เฉพาะการบังคับบัญชาทหารบก ทหารเรือ เท่านั้น แต่ยังมีหน้าที่จัดการปกครองหัวเมืองฝ่ายใต้ด้วย ศาลที่ขึ้นอยู่ในกระทรวงกลาโหมมีทั้งศาลที่ตั้งอยู่ในกรุงเทพ และศาลในหัวเมืองฝ่ายใต้ด้วย ศาลกลาโหมจึงมีลักษณะเป็นทั้งศาลทหารและศาลพลเรือน

พ.ศ. 2434 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้า ฯ ให้ปรับปรุงในเรื่องการศาลทั้งหมด โดยให้ตั้งกระทรวงยุติธรรมขึ้น และรวบรวมศาลซึ่งกระจัดกระจายสังกัดอยู่ในกระทรวง ทบวง กรม ต่าง ๆ เข้ามาสังกัดกระทรวงยุติธรรมจนหมดสิ้นทุกศาล ยกเว้นแต่เพียงศาลทหารเพียงศาลเดียวที่ยังคงให้สังกัดกระทรวงกลาโหมอยู่ตามเดิม ศาลในประเทศไทยจึงแบ่งได้เป็นศาลกระทรวงยุติธรรมกับศาลทหารนับแต่นั้นมา

ด้านโครงสร้างของศาลทหารไทย  ข้อมูลจาก iLaw ได้ระบุไว้ในบทความ 'รู้จักศาลทหาร และข้อสังเกตเรื่องเขตอำนาจ' เมื่อวันที่ 28 พ.ค. 2557 ให้ความรู้เกี่ยวกับโครงสร้างศาลทหารของไทยไว้ว่า ศาลทหารอยู่ในสังกัดกระทรวงกลาโหม มีรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหมเป็นผู้รับผิดชอบงานธุรการ  

"ศาลทหารในเวลาไม่ปกติ" คือ ศาลทหารชั้นต้น ในเวลาที่มีสงคราม หรือการประกาศใช้กฎอัยการศึก จะมีระเบียบวิธีพิจารณาที่แตกต่างไปบ้าง

ตุลาการศาลทหาร: ตุลาการทหาร อาจเป็นนายทหารที่ไม่รู้กฎหมายก็ได้ แต่ตุลาการพระธรรมนูญเป็นนายทหารที่มีความรู้กฎหมาย

ศาลทหารชั้นต้น ต้องมีตุลาการสามนายเป็นองค์คณะพิจารณาพิพากษา คือ นายทหารชั้นสัญญาบัตรสองนาย ตุลาการพระธรรมนูญหนึ่งนาย

ศาลทหารกลางต้องมีตุลาการห้านายเป็นองค์คณะพิจารณาพิพากษา คือ นายทหารชั้นนายพลหนึ่งหรือสองนาย นายทหารชั้นนายพัน นายนาวา หรือนายนาวาอากาศขึ้นไป หนึ่งหรือสองนาย ตุลาการพระธรรมนูญสองนาย

ศาลทหารสูงสุดต้องมีตุลาการห้านายเป็นองค์คณะพิจารณาพิพากษา คือ นายทหารชั้นนายพลสองนาย ตุลาการพระธรรมนูญสามนาย

การพิจารณาคดีของศาลทหาร:

ศาลทหารในเวลาปกติ ผู้เสียหายที่เป็นทหารเป็นโจทก์ฟ้องคดีอาญาเองได้ ผู้เสียหายที่เป็นพลเรือน ต้องมอบคดีให้ศาลทหาร ศาลทหารในเวลาไม่ปกติ ต้องให้อัยการทหารเท่านั้นเป็นโจทก์

 ศาลทหารในเวลาปกติและศาลทหารในเวลาไม่ปกติ ให้จำเลยมีทนายได้

การพิจารณาและสืบพยานในศาลทหาร ถ้าจำเลยให้การรับสารภาพหรือไม่ติดใจฟัง จะไม่ทำต่อหน้าจำเลยนั้นก็ได้ (ศาลพลเรือนการพิจารณาทุกขั้นตอนต้องทำต่อหน้าจำเลยเท่านั้น)

 ถ้าไม่มีกฎหมาย กฎและข้อบังคับฝ่ายทหารก็ให้นำประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญามาใช้บังคับโดยอนุโลม ถ้าประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญามิได้บัญญัติไว้โดยเฉพาะให้นำบทบัญญัติแห่งประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความแพ่งมาใช้บังคับเท่าที่จะใช้ได้

การอุทธรณ์และฎีกา:

คำพิพากษาหรือคำสั่งของศาลทหารในเวลาปกติ โจทก์หรือจำเลยอุทธรณ์หรือฎีกาได้ภายในสิบห้าวัน

คำพิพากษาหรือคำสั่งของศาลทหารในเวลาไม่ปกติ ห้ามอุทธรณ์หรือฎีกา

 ศาลทหารไม่ยุ่งเกี่ยวคดีแพ่ง:

ผู้เสียหายจะร้องขอให้จำเลยคืนทรัพย์ หรือชดใช้ค่าเสียหายในศาลทหารไม่ได้ ถ้าโจทก์ร้องขอให้ยึดทรัพย์จำเลย ให้ส่งคดีนั้นไปยังศาลพลเรือน แต่เมื่ออัยการทหารร้องขอศาลทหารมีอำนาจพิพากษาให้จำเลยคืนทรัพย์ หรือชดใช้ค่าเสียหายให้แก่รัฐบาลได้ในกรณีที่จำเลยกระทำผิด

เขตอำนาจของศาลทหาร: 

พิจารณาจากบุคคล

คนที่ต้องถูกพิจารณาคดีที่ศาลทหาร ก็คือ ทหาร นักเรียนทหาร พลเรือนที่สังกัดอยู่ในราชการทหาร บุคคลซึ่งอยู่ในความควบคุมของเจ้าหน้าที่ฝ่ายทหารโดยชอบด้วยกฎหมาย เชลยศึก

พิจารณาจากประเภทคดี

- ความผิดต่อกฎหมายทหาร หรือความผิดอาญาอื่น

- ความผิดอาญาตามบัญชีต่อท้ายกฎอัยการศึก ในกรณีมีการประกาศใช้กฎอัยการศึกและประกาศให้คดีบางประเภทอยู่ในอำนาจของศาลทหาร ซึ่งจะมีอำนาจเหนือบุคคลทุกประเภท ทั้งพลเรือน และทหาร

 คดีที่ไม่อยู่ในอำนาจศาลทหาร คือ

- คดีที่ทหารกระทำความผิดร่วมกับพลเรือน เช่น ทหารขายยาเสพติดต้องขึ้นศาลทหาร ถ้าทหารขายยาเสพติดร่วมกับภรรยาต้องขึ้นศาลพลเรือน

- คดีที่เกี่ยวพันกับคดีที่อยู่ในอำนาจศาลพลเรือน 

- คดีที่ผู้กระทำความผิดเป็นเด็กและเยาวชน

- คดีที่ศาลทหารเห็นว่าไม่อยู่ในอำนาจของศาลทหาร

คดีที่ไม่อยู่ในอำนาจของศาลให้พิจารณาพิพากษาที่ศาลพลเรือน ถ้าภายหลังกลายเป็นว่าอยู่ในอำนาจของศาลทหาร แต่ศาลพลเรือนรับฟ้องไปแล้ว ก็ให้ศาลพลเรือนมีอำนาจพิจารณาพิพากษาต่อไป

กฎหมายเกี่ยวกับศาลทหาร: พระราชบัญญัติธรรมนูญทหาร พ.ศ.2498

ที่มาข้อมูล: iLaw

อ่าน 'จับตา': “โครงสร้าง 'ศาลทหาร' ของประเทศไทย"
http://www.tcijthai.org/office-tcij/view.php?ids=6102